Der Förderkreis Musikforum Hohenwettersbach e.V. verlieh Fabian Wankmüller 2006 einen Förderpreis für seine herausragenden Leistungen als Konzertsolist und Liedbegleiter. Bei Jugend musiziert wurde er auf allen Ebenen mit zahlreichen Preisen ausgezeichnet, unter anderem mit einem 1. Bundespreis in der Kategorie "Klavier Solo".

Im März 2007 wurde Fabian Wankmüller zusammen mit dem Violinisten Martin Emmerich Stipendiat des Vereins YEHUDI MENUHIN Live Music Now, der Konzerte in sozialen Einrichtungen veranstaltet. 2008 wurde er eingeladen, im Brahmshaus Baden-Baden neben Sontraud Speidel und Robert Bowman an einer zyklischen Aufführung aller Klaviersonaten von J. Brahms mitzuwirken. Zudem wurde er zusammen mit seinem Duo-Partner, dem Cellisten Heiner Reich, als Young Artists der Musikfestwochen Donau-Oberschwaben benannt.

Förderung erhielt er außerdem durch den DAAD, die Deutsche Stiftung Musikleben, die Hans und Eugenia Jütting-Stiftung Stendal sowie das Deutsch-Französische Jugendwerk. 2011 wurde ihm von der Hochschule für Musik und Theater Hannover ein Deutschlandstipendium verliehen.

Auftritte als Solist und Kammermusiker führten ihn quer durch Deutschland sowie nach Österreich, Norwegen, Holland, Polen und Frankreich. Er trat bei Festivals wie dem Internationalen Klavierduofestival Bad Herrenalb, dem Heidelberger Frühling sowie dem Festival Pablo Casals auf. Fabian Wankmüller wirkte als Juror bei zahlreichen Veranstaltungen des Piano-Podiums Karlsruhe e.V. mit, so auch beim Béla-Bartók-Klavierwettbewerb 2005, beim Wolfgang-Hofmann-Wettbewerb 2007 sowie beim Violetta Dinescu-Wettbewerb 2009.

Von der Presse werden seine technische Perfektion und Virtuosität ebenso gelobt wie seine künstlerische Reife und Ausdrucksfähigkeit. Kritiker attestieren ihm "technische Versiertheit gepaart mit einem feinen interpretatorischen Empfinden" sowie einen "gehaucht zarten Anschlag". Sein umfangreiches Repertoire erstreckt sich vom Barock bis zu zeitgenössischer Musik.